Za souřadnicový systém lze v ArcGIS zvolit Geographic Coordinate System (GCS) nebo Projected Coordinate System (PCS). Geographic Coordinate System představuje zjednodušeně definici elipsoidu – geodetické datum, geografické souřadnice. Projected Coordinate System pak navíc i kartografické zobrazení (projekci) a tedy rovinné souřadnice. Souřadnicový systém je vhodné nastavit pro celý datový rámec v záložce Coordinate System v kontextovém menu rámce vyvolaného pravým tlačítkem. V ArcCatalogu je vhodné nastavit souřadnicový systém datasetům (Feature Dataset), samostatně stojící třídě (Feature Class). Třída uložená v rámci datasetu přebírá souřadnicový systém datasetu. Pokud mají data nastavený jiný souřadnicový systém než datové okno, probíhá on-the-fly transformace. V případě, že se souřadnicové systémy liší v geodetickém datumu, je nutné správně nastavit transformaci mezi nimi, jinak může dojít k problémům s přesností dat. Pro nastavení JTSK se správně orientovanými osami lze vybrat v Predefined / Projected Coordinate Systems / National Grids / S-JTSK Krovak EastNorth.